Fluorine in PDB 5qyc: Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A

The structure of Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A, PDB code: 5qyc was solved by M.S.Weiss, J.Wollenhaupt, A.Metz, T.Barthel, G.M.A.Lima, A.Heine, U.Mueller, G.Klebe, with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:

Resolution Low / High (Å)	44.47 / 1.70
Space group	C 1 2 1
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)	88.731, 81.470, 93.170, 90.00, 108.64, 90.00
R / Rfree (%)	20.8 / 21

The binding sites of Fluorine atom in the Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A (pdb code 5qyc). This binding sites where shown within 5.0 Angstroms radius around Fluorine atom.
In total 3 binding sites of Fluorine where determined in the Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A, PDB code: 5qyc:
Jump to Fluorine binding site number: 1; 2; 3;

Fluorine binding site 1 out of 3 in the Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Fluorine with other atoms in the F binding site number 1 of Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:F2101 b:46.1 occ:0.16 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.2 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.1 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.1 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.1 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.2 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.1 CD1 A:ILE2034 2.1 33.6 0.2 CD1 A:ILE2034 2.1 32.7 0.2 CD1 A:ILE2034 2.1 34.3 0.1 O A:HOH2254 2.2 1.9 0.1 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.2 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.1 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.1 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.1 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.2 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.1 O A:HOH2254 2.7 13.2 0.2 O A:LEU2039 3.0 29.6 0.2 O A:LEU2039 3.0 32.2 0.1 O A:LEU2039 3.0 32.2 0.1 O A:LEU2039 3.0 32.4 0.2 O A:LEU2039 3.0 31.0 0.2 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.1 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.1 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.2 O A:LEU2039 3.1 32.0 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.2 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.1 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.1 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.2 CG1 A:ILE2034 3.4 34.1 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 33.3 0.2 CG1 A:ILE2034 3.4 32.4 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 32.4 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.2 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.2 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.6 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 30.9 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 29.4 0.2 CG2 A:ILE2034 3.6 40.7 0.2 CG2 A:ILE2034 3.6 40.4 0.1 CG2 A:ILE2034 3.6 40.5 0.1 O A:HOH2254 3.6 13.3 0.2 C A:SYJ2101 3.6 46.9 0.2 C A:SYJ2101 3.6 47.0 0.1 C A:SYJ2101 3.6 47.0 0.1 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.1 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.2 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.7 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.7 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.1 0.2 CB A:ILE2034 3.6 33.6 0.1 CB A:ILE2034 3.6 32.6 0.2 CB A:ILE2034 3.6 31.5 0.2 CB A:ILE2034 3.7 39.9 0.1 CB A:ILE2034 3.7 40.2 0.2 CB A:ILE2034 3.7 39.9 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.2 C A:LEU2039 4.0 27.9 0.2 C A:LEU2039 4.0 29.1 0.2 C A:LEU2039 4.0 30.4 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.2 CD A:LYS1973 4.0 31.7 0.1 CD A:LYS1973 4.0 31.7 0.1 CD A:LYS1973 4.0 31.2 0.2 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.1 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.1 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.2 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.2 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.1 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.2 CG A:LYS1973 4.2 31.6 0.1 CG A:LYS1973 4.2 31.6 0.1 CG A:LYS1973 4.2 31.1 0.2 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.2 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.1 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.2 CE A:LYS1973 4.4 28.5 0.1 CE A:LYS1973 4.5 25.8 0.2 NZ A:LYS1973 4.5 31.3 0.2 NZ A:LYS1973 4.5 31.8 0.1 NZ A:LYS1973 4.5 31.9 0.1 CE A:LYS1973 4.5 24.2 0.2 CD1 A:ILE2034 4.6 42.6 0.1 CD1 A:ILE2034 4.6 42.6 0.1 CD1 A:ILE2034 4.6 43.0 0.2 OD2 A:ASP1972 4.6 35.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.2 CA A:LEU2039 4.7 28.5 0.2 CA A:LEU2039 4.7 29.4 0.2 CA A:LEU2039 4.7 30.3 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.2 OD2 A:ASP1972 4.8 34.2 0.2 CD A:LYS1973 4.8 28.6 0.1 CG A:LYS1973 4.8 29.1 0.1 N A:TRP2040 4.8 28.6 0.2 N A:TRP2040 4.9 29.7 0.2 N A:TRP2040 4.9 31.0 0.1 CD A:LYS1973 4.9 25.9 0.2 CD A:LYS1973 4.9 24.3 0.2 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.2 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.1 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.1 CB A:ASP1972 5.0 29.1 0.2 CB A:ASP1972 5.0 28.8 0.2 CB A:ASP1972 5.0 32.5 0.1 N A:TRP2040 5.0 32.4 0.2 N A:TRP2040 5.0 32.5 0.1 N A:TRP2040 5.0 32.5 0.1

Fluorine binding site 2 out of 3 in the Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Fluorine with other atoms in the F binding site number 2 of Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:F2101 b:46.1 occ:0.15 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.1 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.1 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.2 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.1 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.2 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.1 CD1 A:ILE2034 2.1 33.6 0.2 CD1 A:ILE2034 2.1 32.7 0.2 CD1 A:ILE2034 2.1 34.3 0.1 O A:HOH2254 2.2 1.9 0.1 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.2 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.1 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.1 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.1 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.2 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.1 O A:HOH2254 2.7 13.2 0.2 O A:LEU2039 3.0 29.6 0.2 O A:LEU2039 3.0 32.2 0.1 O A:LEU2039 3.0 32.2 0.1 O A:LEU2039 3.0 32.4 0.2 O A:LEU2039 3.0 31.0 0.2 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.1 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.1 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.2 O A:LEU2039 3.1 32.0 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.2 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.1 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.1 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.2 CG1 A:ILE2034 3.4 34.1 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 33.3 0.2 CG1 A:ILE2034 3.4 32.4 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 32.4 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.2 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.2 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.6 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 30.9 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 29.4 0.2 CG2 A:ILE2034 3.6 40.7 0.2 CG2 A:ILE2034 3.6 40.4 0.1 CG2 A:ILE2034 3.6 40.5 0.1 O A:HOH2254 3.6 13.3 0.2 C A:SYJ2101 3.6 46.9 0.2 C A:SYJ2101 3.6 47.0 0.1 C A:SYJ2101 3.6 47.0 0.1 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.1 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.2 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.7 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.7 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.1 0.2 CB A:ILE2034 3.6 33.6 0.1 CB A:ILE2034 3.6 32.6 0.2 CB A:ILE2034 3.6 31.5 0.2 CB A:ILE2034 3.7 39.9 0.1 CB A:ILE2034 3.7 40.2 0.2 CB A:ILE2034 3.7 39.9 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.2 C A:LEU2039 4.0 27.9 0.2 C A:LEU2039 4.0 29.1 0.2 C A:LEU2039 4.0 30.4 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.2 CD A:LYS1973 4.0 31.7 0.1 CD A:LYS1973 4.0 31.7 0.1 CD A:LYS1973 4.0 31.2 0.2 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.1 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.1 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.2 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.2 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.1 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.2 CG A:LYS1973 4.2 31.6 0.1 CG A:LYS1973 4.2 31.6 0.1 CG A:LYS1973 4.2 31.1 0.2 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.2 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.1 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.1 CE A:LYS1973 4.4 28.5 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.2 CE A:LYS1973 4.5 25.8 0.2 NZ A:LYS1973 4.5 31.3 0.2 NZ A:LYS1973 4.5 31.8 0.1 NZ A:LYS1973 4.5 31.9 0.1 CE A:LYS1973 4.5 24.2 0.2 CD1 A:ILE2034 4.6 42.6 0.1 CD1 A:ILE2034 4.6 42.6 0.1 CD1 A:ILE2034 4.6 43.0 0.2 OD2 A:ASP1972 4.6 35.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.2 CA A:LEU2039 4.7 28.5 0.2 CA A:LEU2039 4.7 29.4 0.2 CA A:LEU2039 4.7 30.3 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.2 OD2 A:ASP1972 4.8 34.2 0.2 CD A:LYS1973 4.8 28.6 0.1 CG A:LYS1973 4.8 29.1 0.1 N A:TRP2040 4.8 28.6 0.2 N A:TRP2040 4.9 29.7 0.2 N A:TRP2040 4.9 31.0 0.1 CD A:LYS1973 4.9 25.9 0.2 CD A:LYS1973 4.9 24.3 0.2 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.2 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.1 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.1 CB A:ASP1972 5.0 29.1 0.2 CB A:ASP1972 5.0 28.8 0.2 CB A:ASP1972 5.0 32.5 0.1 N A:TRP2040 5.0 32.4 0.2 N A:TRP2040 5.0 32.5 0.1 N A:TRP2040 5.0 32.5 0.1

Fluorine binding site 3 out of 3 in the Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A


Mono view


Stereo pair view

A full contact list of Fluorine with other atoms in the F binding site number 3 of Pandda Analysis Group Deposition -- AAR2/Rnaseh in Complex with Fragment F2X-Entry D07A within 5.0Å range: probe atom residue distance (Å) B Occ A:F2101 b:46.1 occ:0.15 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.1 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.1 F A:SYJ2101 0.0 46.1 0.2 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.1 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.2 C4 A:SYJ2101 1.4 46.1 0.1 CD1 A:ILE2034 2.1 33.6 0.2 CD1 A:ILE2034 2.1 32.7 0.2 CD1 A:ILE2034 2.1 34.3 0.1 O A:HOH2254 2.2 1.9 0.1 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.2 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.1 C5 A:SYJ2101 2.3 46.6 0.1 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.1 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.2 C3 A:SYJ2101 2.4 46.1 0.1 O A:HOH2254 2.7 13.2 0.2 O A:LEU2039 3.0 29.6 0.2 O A:LEU2039 3.0 32.2 0.1 O A:LEU2039 3.0 32.2 0.1 O A:LEU2039 3.0 32.4 0.2 O A:LEU2039 3.0 31.0 0.2 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.1 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.1 S A:SYJ2101 3.1 45.3 0.2 O A:LEU2039 3.1 32.0 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.1 O A:SYJ2101 3.1 44.3 0.2 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.1 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.1 N A:SYJ2101 3.2 45.7 0.2 CG1 A:ILE2034 3.4 34.1 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 33.3 0.2 CG1 A:ILE2034 3.4 32.4 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 32.4 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.2 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.2 0.1 CG1 A:ILE2034 3.4 42.6 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 30.9 0.2 CG2 A:ILE2034 3.4 29.4 0.2 CG2 A:ILE2034 3.6 40.7 0.2 CG2 A:ILE2034 3.6 40.4 0.1 CG2 A:ILE2034 3.6 40.5 0.1 O A:HOH2254 3.6 13.3 0.2 C A:SYJ2101 3.6 46.9 0.2 C A:SYJ2101 3.6 47.0 0.1 C A:SYJ2101 3.6 47.0 0.1 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.1 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.2 C2 A:SYJ2101 3.6 46.3 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.7 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.7 0.1 CE A:LYS1973 3.6 31.1 0.2 CB A:ILE2034 3.6 33.6 0.1 CB A:ILE2034 3.6 32.6 0.2 CB A:ILE2034 3.6 31.5 0.2 CB A:ILE2034 3.7 39.9 0.1 CB A:ILE2034 3.7 40.2 0.2 CB A:ILE2034 3.7 39.9 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.1 O2 A:SYJ2101 3.7 46.5 0.2 C A:LEU2039 4.0 27.9 0.2 C A:LEU2039 4.0 29.1 0.2 C A:LEU2039 4.0 30.4 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.1 C A:LEU2039 4.0 31.7 0.2 CD A:LYS1973 4.0 31.7 0.1 CD A:LYS1973 4.0 31.7 0.1 CD A:LYS1973 4.0 31.2 0.2 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.1 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.1 C7 A:SYJ2101 4.1 46.2 0.2 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.2 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.1 C1 A:SYJ2101 4.1 46.7 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.1 C6 A:SYJ2101 4.2 45.6 0.2 CG A:LYS1973 4.2 31.6 0.1 CG A:LYS1973 4.2 31.6 0.1 CG A:LYS1973 4.2 31.1 0.2 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.2 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.1 C10 A:SYJ2101 4.3 47.2 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.1 CE A:LYS1973 4.4 28.5 0.1 O1 A:SYJ2101 4.4 45.5 0.2 CE A:LYS1973 4.5 25.8 0.2 NZ A:LYS1973 4.5 31.3 0.2 NZ A:LYS1973 4.5 31.8 0.1 NZ A:LYS1973 4.5 31.9 0.1 CE A:LYS1973 4.5 24.2 0.2 CD1 A:ILE2034 4.6 42.6 0.1 CD1 A:ILE2034 4.6 42.6 0.1 CD1 A:ILE2034 4.6 43.0 0.2 OD2 A:ASP1972 4.6 35.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.1 CA A:LEU2039 4.6 31.6 0.2 CA A:LEU2039 4.7 28.5 0.2 CA A:LEU2039 4.7 29.4 0.2 CA A:LEU2039 4.7 30.3 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.1 C8 A:SYJ2101 4.8 46.7 0.2 OD2 A:ASP1972 4.8 34.2 0.2 CD A:LYS1973 4.8 28.6 0.1 CG A:LYS1973 4.8 29.1 0.1 N A:TRP2040 4.8 28.6 0.2 N A:TRP2040 4.9 29.7 0.2 N A:TRP2040 4.9 31.0 0.1 CD A:LYS1973 4.9 25.9 0.2 CD A:LYS1973 4.9 24.3 0.2 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.2 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.1 C9 A:SYJ2101 4.9 48.0 0.1 CB A:ASP1972 5.0 29.1 0.2 CB A:ASP1972 5.0 28.8 0.2 CB A:ASP1972 5.0 32.5 0.1 N A:TRP2040 5.0 32.4 0.2 N A:TRP2040 5.0 32.5 0.1 N A:TRP2040 5.0 32.5 0.1

J.Wollenhaupt, A.Metz, T.Barthel, G.M.A.Lima, A.Heine, U.Mueller, G.Klebe, M.S.Weiss. F2X-Universal and F2X-Entry: Structurally Diverse Compound Libraries For Crystallographic Fragment Screening. Structure V. 28 694 2020.
ISSN: ISSN 0969-2126
PubMed: 32413289
DOI: 10.1016/J.STR.2020.04.019